中藥材產地初加工和中藥飲片炮制密切相連，對某些中藥材而言，兩者無法明確劃分，因此，中藥材產地初加工長期以來并未作為單獨環節被嚴格監管。由于監管薄弱，摻雜摻假時有發生。此外，在原有的中藥材GAP認證檢查評定標準中，只給出產地初加工的一般原則，缺乏分類要求以及量化指標，加之中藥材的分散種植，均制約了產地初加工的規范化程度，影響了飲片的炮制和質量。
中藥材種植主要以農戶為主，大部分藥材在進入“藥品”流通渠道前是分散的，不受藥品經營質量管理規范（GSP）約束。同時，相當一部分中藥材交易游離于規范藥市之外。中藥材流通的分散，物流的落后，導致了儲存、養護的不規范，進而導致藥材質量難以追溯。
作為中藥材產業鏈下游的中藥企業以及醫療機構，控制藥材質量的能力也有待提高。部分中成藥生產企業，由于同質化競爭，傾向于使用“合格的質次品”。同時，由于中藥材化學成分的復雜性，基礎研究的薄弱制約了藥材質量標準的科學制定，靠單一成分難以控制中藥材質量，指紋圖譜、一測多評等全面控制中藥材質量的技術尚未完全建立。
當前，摻雜摻假手段多樣，情況復雜，鑒別藥材必須借助儀器設備或者由有經驗的老藥工進行鑒定、含量測定，但現實情況卻是傳統的中藥材性狀鑒別人才流失，必要的儀器設備缺乏。
下游環節對中藥飲片、中成藥的質量要求的放松，導致了“優質藥材供出口，中等藥材供藥房，質次藥材進藥廠”現象的發生。
